Istraživačka stanica Petnica je nezavisna neprofitna organizacija registrovana kao udruženje građana. Najviše upravno i kontrolno telo Stanice je Skupština IS Petnica. Skupština IS Petnica imenuje članove Upravnog odbora kao operativnog upravnog i nadzornog organa. Radom IS Petnica operativno rukovodi direktor sa dva direktora sektora.
Članstvo u IS Petnica je dobrovoljno i član može biti svaka punoletna osoba koja prihvata i poštuje ciljeve definisane Statutom i Statut IS Petnica, a koja je učestvovala u organizaciji i realizaciji programa koje je organizovala IS Petnica i/ili čiji je rad od posebnog značaja za Stanicu. Prijave za članstvo su trenutno suspendovane usled promene prijavnog formulara. Prijave će biti ponovo otvorene u prvoj polovini decembra 2024.