Redovni program za učenike osnovnih škola koji IS Petnica organizuje je Letnja naučna škola. Letnja naučna škola (LNŠ) je višedisciplinarni program koji uvodi zainteresovane učenike u osnove istraživačkog pogleda na svet. Tokom LNŠ-a, učenici mogu da se neposredno angažuju u aktivnostima teorijskog, praktičnog i istraživačkog karaktera u oblastima astronomije, biologije, elektronike, hemije, geologije, arheologije, matematike, psihologije i drugih disciplina koje su zastupljene u ISP. Cilj programa nije da se nauče činjenice, vežbaju zadaci ili proverava znanje, već da se polaznici upoznaju sa principima i osnovnim metodama istraživanja i opšteg naučnog metoda i da se podstaknu da kritički razmišljaju i razvijaju istraživački duh.
Pravo prijavljivanja na LNŠ imaju učenici koji trenutno pohađaju VII razred i koji pokazuju izrazito visoku zainteresovanost za dodatno obrazovanje, nauku i istraživački rad, kao i visok stepen samostalnosti i lične inicijative. Kandidati treba da budu spremni na odvajanje od roditelja i poznatog okruženja, kao i na rad i druženje sa vršnjacima koje do tada nisu imali prilike da sretnu. Ocene i nagrade sa takmičenja ne predstavljaju bitan kriterijum za izbor kandidata.
Učesnici ne dobijaju nikakve diplome i učešće na LNŠ ne donosi nikakve formalne olakšice u daljem školovanju.
Prijavljivanje se vrši početkom godine, a program se održava tokom leta i jeseni.