Istraživačka stanica Petnica je nazavisna neprofitna organizacija registraovana kao udruženje građana sa oko 140 ravnopravnih osnivača.
Najviše upravno i kontrolno telo Stanice je Savet IS Petnica. Članovi Saveta biraju se iz redova iskusnih naučnih i javnih radnika i stručnjaka iz različitih oblasti koji su duži niz godina aktivno učestvovali u aktivnostima IS Petnica. Savet usvaja programe i izveštaje o radu, principe i pravila organizovanja obrazovnih aktivnosti, odlučuje o značajnijim investicijama i donosi druge odluke o strateškim pitanjima rada i razvoja Stanice.
Savet IS Petnica imenuje članove Upravnog odbora kao operativnog upravnog i nadzornog organa. Radom IS Petnica operativno rukovodi direktor sa tri pomoćnika direktora.
Članovi Saveta:
akademik dr Zoran Knezević, SANU
prof. dr Dragan Mašulović, PMF Novi Sad
prof. dr Dragica Pavlović – Babić, Filozofski fakultet u Beogradu
prof. dr Nada Majkić – Sigh, Farmaceutski fakultet u Beogradu
dr Predrag Marković, Institut za savremenu istoriju
Sonja Liht, Beogradski fond za političku izuzetnost
akademik dr Vidojko Jović, SANU
Mr Vlado Đukanović, Lexicom – језички инжењеринг
prof. dr Desanka Radunović, Matematički fakultet
prof. dr Vladica Cvetković, Rudarskogeološki fakultet
prof. dr Marija Đurić, Medicinski fakultet
prof. dr Danica Pajović, Fakultet dramskih umetnosti
prof. dr Aleksandar Popović, Hemijski fakultet
dr Sofija Stefanović, Institut Biosens, i Filozofski fakultet u Beogradu
prof. dr Borut Vild, Fakultet za medije i komunikacije
Goran Svilanović, konsultant
Korado Korlević, Znanstveno edukacijski centar Višnjan
prof. dr Srđan Verbić, Fakultet FEFA
Članovi Upravnog odbora:
dr Tanja Adnađević, IBISS i Centar za promociju nauke
prof dr Branislav Ranđelović, Zavod za vrednovanje obrazovanja i vaspitanja
prof. dr Nevenka Đerić, Rudarsko geološki fakultet
Srđan Janev, IS Petnica
Andrej Starović, Narodni muzej Beograd
Slobodan Perović, konsultant
Srđan Jovanović, HTEC
Zoran Rilak, Microsoft
Nina Jevtić, IS Petnica
Direktor i finansijski sektor: Branko Jakoviljević
Pomoćnik direktora – programski sektor: Jelena Gledić
Pomoćnik direktora – tehnički sektor: Srđan Janev