Istraživačka stanica Petnica je nezavisna neprofitna organizacija registrovana kao udruženje građana. Najviše upravno i kontrolno telo Stanice je Skupština IS Petnica. Skupština IS Petnica imenuje članove Upravnog odbora kao operativnog upravnog i nadzornog organa. Radom IS Petnica operativno rukovodi direktor sa dva direktora sektora.
Članstvo u IS Petnica je dobrovoljno i član može biti svaka punoletna osoba koja prihvata i poštuje ciljeve definisane Statutom i Statut IS Petnica, a koja je učestvovala u organizaciji i realizaciji programa koje je organizovala IS Petnica
i/ili čiji je rad od posebnog značaja za Stanicu.
Upravni odbor:
dr Tanja Adnađević, Centogene
prof dr Branislav Ranđelović, Zavod za vrednovanje obrazovanja i vaspitanja
prof. dr Nevenka Đerić, Rudarsko geološki fakultet
Andrej Starović, Narodni muzej Beograd
Slobodan Perović, konsultant
Srđan Jovanović, HTEC
Zoran Rilak, Microsoft
Nina Jevtić, IS Petnica
v.d. direktora: Srđan Janev
Programski direktor: Jelena Gledić
Za jedan broj naučnih oblasti koje IS Petnica pokriva svojim obrazovnim programima postoje posebne stručne komisije sastavljene od profesionalnih naučnih radnika i univerzitetskih nastavnika. Ove komisije raspravljaju i odlučuju o pitanjima tema i sadržaja obrazovnog rada, opreme i materijalnih uslova za odgovarajuće oblasti, izbora stručnih saradnika, predavača i sl.
