Istraživačka stanica Petnica se finansira iz različitih izvora. Godišnji budžet IS Petnica iznosi oko 100 miliona dinara i tim sredstvima valja pokriti ne samo troškove obrazovnih programa (troškove smeštaja, ishrane, potrošnog materijala, predavače i angažovano osoblje), već i troškove održavanja i funkcionisanja objekata u Petnici, održavanja i obnavljanje opreme, nabavku literature, plate zaposlenog osoblja, izdavačku i informativnu delatnost, različite programe i aktivnosti specifičnog profila (međunarodna saradnja, promotivne akcije, dokumentacija itd.).
Od osnivanja IS Petnica 1982. godine manje ili više redovno Istraživačku stanicu Petnica finansijsku pomaže Vlada Srbije, najviše preko Ministarstva nauke i Ministarstva prosvete. Bilo je primera sporadične podrške za specifične programe i drugih državnih organa – Ministarstvo omladine i sporta, Ministarstvo za telekomunikacije, Ministarstvo za životnu sredinu, Ministarstvo za regionalni razvoj i sl. Dugoročnije donacije namenjene stabilnom obrazovnom radu obezbeđuju i preduzeća i druge domaće i međunarodne organizacije, među kojima ističemo kompaniju Telenor, Naftnu industriju Srbije, Pošte Srbije, MK Group, Švajcarsku organizaciju za međunarodni razvoj, OEBS, UNESCO…
Značaj i sve veći udeo u finansiranju rada i razvoja IS Petnica ima i Fond Petnica za razvoj naučnog obrazovanaj, čiji su članovi najvećim delom bivši polaznici i saradnici IS Petnica. Trenutno se radi na osmišljavanju strateškog razvoja ovog Fonda, kako bi se njegove mogućnosti još više iskoristile.
